このウォークスルーで見つかる候補は、構造的およびゲノム的な証拠に裏付けられた生物学的に妥当なリード化合物ですが、依然として湿式実験室での検証が必要です。この取り組みに意味があるのは、日常的な生物学ワークフローのハードルを劇的に下げ、何日もかかっていた断片的なデータベース選別作業を単一の共同セッションに変える点です。今回のセッションは Streptococcus pseudopneumoniaeの狭いアミノ酸領域に焦点を当てましたが、研究者は会話をどのような方向にも進めることができます。例えば、新しいフィルタリング基準を追加したり、異なる配列長を探索したり、他の優先病原体を標的にしたりすることも可能です。探索対象をヒトの常在菌から環境微生物などへと広げることで、科学者はUniProt全体でエージェントを導き、新規AMP候補を大規模に発見できます。
対話的なコラボレーションのための共有3Dキャンバス
タンパク質の3D構造は、その生物学的機能を理解する助けとなります。候補の予測フォールドを空間上で確認することは重要です。この一連のワークフローを単一のワークスペースで提供するため、私たちは Biomolecular Structure Viewerを導入します。これはAntigravityに直接組み込まれた3D可視化ツールです。
研究者とエージェントは共有されたビジュアル状態を通じて協働します。エージェントがAlphaFold Databaseや科学者自身の予測から構造を取得する際、ビューアを動的に操作できます。例えば、重要な機能領域をハイライトして仮説を視覚的に説明することが可能です。重要なのは、この認識が双方向に流れるという点です。特定の残基をハイライトしたり、結合ポケットに直接メモをピン留めしたりする操作は、エージェントにも同期されます。研究者は3D空間内の関心領域をマークし、例えば「このβストランドはLipid IIの結合にどう影響する可能性がありますか?」と質問するだけで、科学者がまさに見ている構造的コンテキストをもとに、エージェントが即座に推論を行うことができます。