이 워크스루에서 우리가 발견한 후보는 구조적 및 유전체적 증거로 뒷받침되는 생물학적으로 타당한 리드이지만, 여전히 습식 실험실 검증이 필요합니다. 이것이 의미 있는 이유는 일상적인 생물학 워크플로우의 장벽을 극적으로 낮추어, 며칠에 걸친 파편화된 데이터베이스 분류 작업을 단 하나의 협업 세션으로 전환한다는 점입니다. 이번 세션은 Streptococcus pseudopneumoniae의 좁은 아미노산 영역에 초점을 맞췄지만, 연구자들은 새로운 필터링 기준을 추가하거나, 다른 서열 길이를 탐색하거나, 다른 우선순위 병원체를 표적화하는 등 어떤 방향으로든 대화를 이어갈 수 있습니다. 검색 범위를 사람 상주균에서 환경 미생물 그 이상으로 넓힘으로써, 과학자들은 에이전트를 UniProt 전반에서 안내하여 대규모로 새로운 AMP 후보를 발견할 수 있습니다.
대화형 협업을 위한 공유 3D 캔버스
단백질의 3D 구조는 그 생물학적 기능을 이해하는 데 도움을 줍니다. 후보의 예측 폴드를 3차원 공간에서 살펴보는 것이 핵심입니다. 이러한 엔드투엔드 워크플로우를 단일 작업 공간에서 제공하기 위해, 우리는 Biomolecular Structure Viewer를 소개합니다. 이는 Antigravity에 직접 내장된 3D 시각화 도구입니다.
연구자와 에이전트는 공유된 시각적 상태 위에서 함께 작업합니다. 에이전트가 AlphaFold Database 또는 과학자 자신의 예측으로부터 구조를 검색할 때, 뷰어를 동적으로 제어할 수 있습니다. 예를 들어, 핵심 기능 영역을 강조 표시하여 가설을 시각적으로 설명할 수 있습니다. 중요한 것은 이러한 인식이 양방향으로 흐른다는 점입니다. 특정 잔기를 강조하거나 결합 포켓에 직접 메모를 고정하는 것과 같은 작업이 에이전트에 다시 동기화됩니다. 연구자는 단순히 3D 공간에서 관심 영역을 표시하고 예를 들어 "이 β-strand는 Lipid II 결합에 어떤 영향을 미칠 수 있나요?"라고 물음으로써, 에이전트가 과학자가 보고 있는 정확한 구조적 맥락 위에서 즉시 추론하도록 할 수 있습니다.