Google DeepMind

借助 Google Antigravity 加速抗菌肽的搜索

Google DeepMind展示了用Antigravity智能体加速抗菌肽发现的端到端工作流:智能体可检索UniProt与AlphaFold Database结构,并新增嵌入式Biomolecular Structure Viewer,实现研究者与智能体共享3D可视化状态、双向同步标注。文中候选肽尚需湿实验验证,且演示仅针对Streptococcus pseudopneumoniae的狭窄氨基酸窗口。

配图来源 · Google DeepMind

我们在本演示中发现的候选物代表了一个具有生物学合理性的先导化合物,有结构和基因组证据支持,但仍需湿实验室验证。其意义在于它极大地降低了日常生物学工作流程的门槛,将数天的碎片化数据库筛选转变 为一次协作会话。虽然本次会话聚焦于 Streptococcus pseudopneumoniae中一个狭窄的氨基酸窗口,研究人员可以将对话引向任何方向,例如叠加新的过滤条件、探索不同的序列长度,或以其他优先病原体为目标。通过将搜索范围从人类共生菌扩展到环境微生物乃至更广,科学家可以引导该智能体跨 UniProt 大规模发现新的 AMP 候选物。

用于交互式协作的共享 3D 画布

蛋白质的 3D 结构可以帮助我们理解其生物学功能。在空间中检视候选物的预测折叠结构至关重要。为了在单一工作区中提供这一端到端工作流程,我们推出 Biomolecular Structure Viewer,一个直接嵌入 Antigravity 的 3D 可视化工具。

研究人员与智能体在共享的视觉状态上协同工作。当智能体从 AlphaFold Database 或科学家自己的预测中检索结构时,它可以动态驱动查看器。例如,它可以高亮关键功能区域以直观解释其假设。至关重要的是,这种感知是双向的:诸如高亮特定残基或将注释直接固定在结合口袋上等操作会同步回智能体。研究人员只需在 3D 空间中标记一个感兴趣的区域,然后提问,例如“这条 β-链可能如何影响 Lipid II 结合?”,智能体便可立即针对科学家正在查看的确切结构上下文进行推理。

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