El candidato que descubrimos en este recorrido representa una pista biológicamente plausible respaldada por evidencia estructural y genómica, pero todavía requiere validación en laboratorio húmedo. Lo que hace significativo esto es cómo reduce drásticamente la barrera de los flujos de trabajo biológicos cotidianos, transformando días de tamizaje fragmentado de bases de datos en una sola sesión colaborativa. Si bien esta sesión se centró en una estrecha ventana de aminoácidos en Streptococcus pseudopneumoniae, los investigadores pueden llevar la conversación en cualquier dirección, como añadir nuevos criterios de filtrado, explorar diferentes longitudes de secuencia o enfocarse en otros patógenos prioritarios. Al ampliar la búsqueda desde comensales humanos hasta microbios ambientales y más allá, los científicos pueden guiar al agente a través de UniProt para descubrir candidatos de AMP novedosos a gran escala.
Un lienzo 3D compartido para la colaboración interactiva
La estructura 3D de una proteína puede ayudarnos a entender su función biológica. Examinar en el espacio el plegamiento predicho de un candidato es clave. Para proporcionar este flujo de trabajo de extremo a extremo en un único espacio de trabajo, presentamos el Biomolecular Structure Viewer, una herramienta de visualización 3D integrada directamente en Antigravity.
El investigador y el agente trabajan juntos sobre un estado visual compartido. A medida que el agente recupera estructuras de AlphaFold Database o de las predicciones propias del científico, puede controlar dinámicamente el visor. Por ejemplo, puede resaltar regiones funcionales clave para explicar visualmente sus hipótesis. Fundamentalmente, esta conciencia fluye en ambos sentidos: acciones como resaltar residuos específicos o fijar notas directamente sobre un bolsillo de unión se sincronizan de vuelta con el agente. Un investigador puede simplemente marcar una región de interés en el espacio 3D y preguntar, por ejemplo, «¿Cómo podría afectar esta hélice β a la unión de Lipid II?», lo que permite al agente razonar inmediatamente sobre el contexto estructural exacto que el científico está observando.